あまり関係ないかもしれないですけど、僕は「Linux File Systems for Windows」をPCに入れた状態で、SDカードのデータ書き込みをおこないRK2020で確認するとデータが保存されていない不具合がありました。
アンインストールしたら正常になりましたけど。
柳餅さんの症状で考えられる原因はSDカードの不良・相性が一番可能性が高いかなと思いますが、TheRAの作成方法を変更してみるともしかしたら改善するかもしれないと思いました。フォーマット方法や、利用するアプリなどです。
Etcherは使わない方が良いと書いてありましたし、原因はわからんですが、ファイルシステムが不安定なのかな?