何となく原因は分かりましたが、バージョン違いで同じにすることは無理っぽいです。
具体的に説明すると、
THeRA 2.4 NTFS v2.2 の時に使われていた RetroArch の Video 設定には Hardware Scaling という項目があり、これが ON になっていることでジャギー（ドットのカクカク）が軽減されているようでした。
しかし、THeRA 2.4 NTFS v2.3 の RetroArch の Video 設定には Hardware Scaling という項目が無くなっているため、同じ設定にすることが出来ません。
一応 画面の感じを同じに見えるようには出来るようでしたので、これで良ければ試してください。
・PlayStation のゲームを立ち上げ、Select + X で RetroArch のメニューに入ります。
・B ボタンを押して項目を MAIN MENU に変えたら、Settings に入ります。
・上から２番目に Video という項目があるので、その中の Bilinear Filtering を ON （スライドを白くする）にします。
（一瞬画面が暗転します）
・B を押して戻り、もう一度 B を押して MAIN MENU まで戻ります。
（Settings の項目がある場所です）
・下から２番目の Configuration File に入って、上から３番目の Save Current Configuration を押します。
（変更がセーブされます。逆に１度きり、もしくはプレイの度に変更するようであればセーブはしなくても良いです）
・B を押して MAIN MENU に戻り、一番上の Quick Menu に入ります。
・一番上の Resume を押せばゲームに戻れます。
以上です。