Nintendo64 でアナログスティックが機能していなかった問題ですが、
昨日の書き込みが当たらずも遠からず…というか正解に近いのかな？
結論から言うと、Nintendo64 Core の設定で、アナログスティックがデジタルに変換されてました。
（でもコレって前までと同じ設定だったんですが、前までがバグって機能してなかった？）
具体的な個所を書くと同時に、THeRA NTFS での重めのエミュを若干軽くできる設定も書いておきます。
（一応、横に２バイト３２文字を想定して改行してありますがズレが出るかもしれないです）
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THeRA NTFS v3 用 設定
（新規導入後の初期状態の設定を想定しています）
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【Nintendo64】
メニューへは Select + X
●[Controls] -> [Port 1 Controls]
Analog to Digital Type ： Left Analog ⇒ None
＊訳を考えると
「アナログ→デジタルタイプ：左スティックをデジタルに変換」
なのだが、
以前までのバージョンでは機能していなかった？
（前も標準で Left Analog でしたがアナログで機能しました）
None にする事でアナログのまま使えるようになります。
変更後、一つ戻り（ Controls 直下）
「Save Core Remap File」 をしておくこと。
コア設定のセーブなので他のゲームにも適用されます。
これをしていないと、ゲームを終了すると設定が戻ってしまいます。
●[OPTIONS]
＊あくまで軽ければ良いという設定なので、
エフェクトなどの表示が変になる場合もある。
（ EmuELEC の paraLLEl N64 コアで使われていた設定です）
マリオカート64などのレースゲームではスタートが軽くなり、
ある程度普通に遊べます。
GFX Accuracy (restart) ： low ⇒ high
GFX Plugin ： auto ⇒ rice
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【PSP (PPSSPP)】
メニューへは R2
●[Settings] -> [System] ＊(最初にやる事)
○一番下
Confirmation button ：
Use X as confirmation button ⇒ Use O as confirmation button
＊最初は決定ボタンが Ｘ (Ｂ) なので、○ (Ａ) ボタンに変える。
変更したら一度 [Settings] から抜ければ適用されます。
○一番上
Language (言語) ： English ⇒ 日本語
●[設定] -> [グラフィックス]
＊あくまで軽ければ良いという設定なので、
表示が微妙なケースも出るかもしれません。
リッジレーサーズでは、
レーススタート直後の断続する引っ掛かりが軽減されました。
○フレームレートの制限
フレームスキップのタイプ ： フレーム数 ⇒ FPS のパーセント
○パフォーマンス
テクスチャを遅延させる ： □ ⇒ ■
スプライン／ベジェ曲線の品質 ： 高 ⇒ 低
○テクスチャフィルタリング
画像スケーリングのフィルタ ： Linear ⇒ Nearest
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これはオマケ
【SNES (SFC)】
メニューへは Select + X
●[OPTIONS]
Hi-Res Blending ： OFF ⇒ Blur
＊「ロマンシング・サガ３」の文字潰れ軽減
最初の設定では縦の線が消えている文字があり、
多少読みにくいが まったく読めないわけではない状態でした。
それを多少読みやすくする設定になります。