おそらく、Emulation Station の MEIN MENU　→　CONFIGURE INPUT　でキーコンフィグを設定し直せば直るのではないかと思われますが・・・　なにせ仕事中でデバイスが手元にないので誰かお願いします。笑

ちなみに、操作不能になったらインストールし直す方が早いと思いますよ。