今仕事中で手元にRG350の現物が無いのと、takuさんの使用環境が分からないので基本的な部分だけ。
（使用環境とは、使用しているファームウェア（カスタムかオフィシャルか）、エミュレーターの状況（標準で付いてきた物か、ネットから落としてきて入れ替えたか）、使用したゲームのタイトルとイメージ化したファイルの構成（イメージ化にも種類があり、使用したソフトによって１～複数ファイルでイメージ化されます）、他にも状況によって様々）
ある程度はエミュレーター自身が持つ擬似BIOSでも動くはずです。
もし、ファイル選択からゲームの起動すらしないのであれば、ゲームのディスクイメージと対になっているcueファイルの記述が違っている場合があります。
稀にあるんですが、ディスクイメージ作成時点で付けた名前が間違っていたり気に入らなかったりしてリネームしてしまう事があります。
その場合、ディスクイメージに付随する .cue ファイルの中身をメモ帳などで開き、記述されたファイル名部分を新しいファイル名に変更してやらないと cue ファイルからの起動が出来なくなってしまいます。
（いつも cue から開いているので試してませんが、「bin」「img」「iso」などの拡張子で、単一のゲームイメージ（音楽トラックなどを分けていない一つのイメージで、ディスクイメージ１個と cue しか無い状態） であれば直接「bin」「img」「iso」の拡張子が付いているファイルを指定しても起動するかもしれません）
ちなみに .cue ファイル自体のファイル名は何でもかまいません。
これが原因で無いとすると、現状での回答は難しいです。