うーん…その情報だけだと分かりにくいですね…
とりあえず、新しくファームウェアを入れたシステムMicroSDを作って確かめた方が早そうです。
何か使ってもよい16GBのMicroSDを用意して、カスタムファームウェアの「ROGUE」辺りを入れて、
初期状態はエミュレータが入ってないので、PCSX4allだけ入れて動くか確かめるのがいいと思う。
（これで動けばハード的には問題ないです。
元のシステムを残したままチェックができる。この辺がRG350やPocketGo系の良い点ですね。
内部フラッシュ書き込み系だとコレができないから辛い）
それか、PCSX4allの設定とかが入ってるフォルダを、
外側のMicroSD辺りにバックアップを取った後で消して、設定ファイルとかを初期化してみるのも手かな。
（確か、関連フォルダが何も無いと自動で再構築されたと思うんで…でも、勘違いの可能性もあるんで念のためバックアップは必須です）
今出来ることはこれぐらいかな。